В отделе разрабатываются теоретические и методологические основы формирования нового хозяйственного механизма в регионе. К ним относятся: проблемы организации с учетом региональных особенностей хозяйственной деятельности, форм и методов воздействия, экономических стимулов и правовых норм общественного производства; исследование вопросов формирования экономических структур, институтов, форм и методов хозяйствования, посредством которых осуществляется согласование общественных и частных интересов и обеспечивается развитие экономики региона; разработка системы управления экономическими процессами в регионе; исследование проблем обеспечения социально-экономической и экологической безопасности региона; разработка механизма приграничного сотрудничества и интеграции в мировую экономическую систему

Основные направления научных исследований
Направления научных исследований отдела определяются исходя из уставных целей ИСЭИ ДНЦ РАН, актуальностью и остротой протекания социально-экономических процессов в регионе и стратегическими установками формирования нового хозяйственного механизма в регионе. Они могут быть охарактеризованы следующим образом:
проблемы и механизмы обеспечения экономической, социальной и экологической безопасности региона;
научные основы региональной политики и устойчивое развитие регионов и городов;
стратегические приоритеты, сценарные варианты регионального развития в условиях инновационных преобразований и модернизации экономики проблемных территорий (субъектов Российской Федерации);
место России в мировом хозяйстве. Особенности интеграции России в мировое экономическое сообщество::
1) механизм управления процессом интеграции в мировое хозяйство регионов Юга России;
2) глобализация мировой экономики. Территориальный субъект (регион, страна) в условиях глобализации .......